Родился будущий маршал 4 июня 1917 года в Астрахани в семье служащего армянина Христофора Аганова и русской актрисы и певицы Марии Фроловой. Настоящее имя отца изначально было Хачатур Оганян. Поэтому во многих довоенных источниках и биографичных листках, Сергей Аганов был записан, как Сергей Хачатурович Оганян. А дед Сергея по отцовской линии, приехавший в Астрахань, был выходцем из Нагорного Карабаха.
Сначала Сергей учился в школе в Астрахани, а затем до 1929 года учился в средней школе в Баку. После её окончания он поступил в Московское училище трамвайных электриков-слесарей. С 1935 по 1937 год Аганов работал на Московском электрокомбинате помощником слесаря, а затем стал бригадиром слесарей-сборщиков. В это же время он учился на вечернем отделении рабфака МГУ. Сергей Христофорович был человеком с техническим, а не гуманитарным складом ума. Именно поэтому в 1938 году он поступил в Московское военно-инженерное училище. Таким образом с 1938 года Аганов начал свою военную службу в Красной Армии. В 1940 году он с отличием окончил училище и получил звание офицера инженерных войск.
В должности командира саперного взвода принимал участие в боях советско-финляндской войны. До начала Великой Отечественной был начальником школы младших командиров саперной бригады Ленинградского военного округа. В первых дней войны командовал саперной ротой. В октябре 1941 года Сергей Христофорович назначен начальником штаба саперного батальона, а через полгода становится помощником начальника штаба инженерных войск армии. Воевал на Ленинградском и Волховском фронтах.
В ноябре 1942 года отозван с фронта для дальнейшей службы в штабе инженерных войск РККА. Служил помощником, затем старшим помощником начальника оперативного отдела. В составе группы представителей Ставки Верховного Главно- командования неоднократно выезжал в действующую армию. Оказывал помощь войскам в организации инженерного обеспечения операций на Юго-Западном, Брянском, Воронежском, 3-м Белорусском, 1-м Прибалтийском и 2-м Прибалтийском фронтах.
После войны С. Аганов продолжал службу в штабе инженерных войск Советской Армии, был старшим офицером отдела. В 1950 году окончил Военную академию имени М.В. Фрунзе. С 1951 года — заместитель начальника отдела, с января 1952 года — начальник отдела штаба инженерных войск Советской Армии. В 1955 году окончил Высшую военную академию имени К.Е. Ворошилова.
С ноября 1955 года служил в войсках — начальник инженерных войск 8-й гвардейской армии в Группе советских войск в Германии. Затем переведен на преподавательскую работу и в августе 1960 года был назначен старшим преподавателем, а в декабре 1963 года — заместителем начальника кафедры Военной академии Генерального штаба. С января 1967 года — начальник инженерных войск Группы советских войск в Германии. С января 1970 года — заместитель начальника инженерных войск Министерства обороны СССР. С апреля 1974 года — начальник Военно-инженерной академии имени В. Куйбышева.
С марта 1975 года — начальник инженерных войск Министерства обороны СССР. Уделял большое внимание улучшению организационной структуры инженерных войск и их техническому оснащению, выработке эффективных способов инженерного обеспечения боевых действий войск, подготовке инженерных кадров. Внес большой вклад в организацию и осуществление мероприятий по ликвидации по- следствий аварии на Чернобыльской АЭС.
С марта 1987 года С.Х. Аганов — в Группе генеральных инспекторов Министерства обороны СССР. Умер 1 февраля 1996 года. Похоронен на Троекуровском кладбище.
Награды СССР
- Орден Ленина;
- Орден Красного Знамени;
- Орден Кутузова I степени;
- Орден Отечественной войны I степени;
- Орден Отечественной войны II степени;
- Два ордена Красной Звезды;
- Орден «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» III степени
- Две государственные премии СССР;
Награды иностранных государств
1. Три ордена иностранных государств.
Генерал-полковник В. Баранов,
Генеральный инспектор МО РФ,
Заслуженный деятель науки России и республики Татарстан,
доктор исторических наук, профессор,
вице-президент Академии военных наук,
действительный член Российской академии естественных наук,
член Клуба военачальников России